Tujuan klasifikasi makhluk hidup adalah menyederhanakan objek-objek yang dipelajarinya sehingga dikenali secara mudah dan akhirnya dapat dimanfaatkan untuk kepentingan manusia. Sejumlah organisme dapat diklasifikasikan menurut sistem tertentu atau sistem yang dianutnya. Dengan membandingkan ciri-cirinya dan sifat-sifatnya yang menunjukkan banyak/sedikitnya persamaan maupun perbedaan yang ada antara organisme satu dengan lainnya, kita dapat menentukan jauh dekatnya kekerabatannya. Untuk mempelajari keanekaragaman makhluk hidup dengan klasifikasinya dapat dilakukan dengan berbagai cara, seperti: mengidentifikasinya dengan benda/contoh/gambarnya, menanyakan kepada ahlinya, dan menggunakan kunci Determinasi Dikotomi. Dari waktu ke waktu, sistem klasifikasi mengalami perkembangan atau perubahan sesuai dengan kemajuan teknologinya. Ada tiga macam sistem klasifikasi pada makhluk hidup, yaitu berdasarkan Sistem Buatan (Artifisial), Sistem Alami (Natural), dan Sistem Filogeni.
1. Sistem Klasifikasi Buatan (Artifisial)
Sistem klasifikasi ini banyak dihubungkan dengan kepentingan hidup manusia, habitat, atau kebiasaan hidup organisme sehingga lebih mudah dikenali atau dipahaminya. Tujuannya adalah agar lebih mudah mengenal xylem/sifat dan manfaat dari organisme yang dipelajarinya, dan dengan begitu akan mudah diupayakan untuk budidayanya sesuai kebutuhannya. Kelemahan dari klasifikasi buatan ini adalah suatu organisme memiliki manfaat yang bermacam-macam, sehingga tidak dapat digolongkan dalam satu golongan saja. Misalnya, tanaman cabe (Capsicum annuum) dapat digolongkan sebagai tanaman sayuran, tanaman obat, tanaman semusim, tanaman
hortikultur, tanaman herba, tanaman industri (saos sambal), tanaman hias, dan lainnya. Demikian pula, ayam dapat digolongkan sebagai unggas petelur atau pedaging, dan juga kelas Aves yang merupakan bagian dari sub-filum Vertebrata. Pada tumbuhan dikenal beberapa dasar penggolongan, seperti:
· Berdasarkan umur:
Ada tumbuhan semusim atau setahun (contoh: cabe merah dan bunga matahari) dan ada tumbuhan tahunan (contoh: pinus, jati, rasamala, mangga, jati, alpuket, dan sebagainya.
· Berdasarkan kegunaannya:
Ada tanaman pangan (contoh: padi, jagung, gandum), ada tanaman hortikultura (Contoh: tanaman hias, sayuran, dan buah), ada tanaman perkebunan (contoh: tanaman karet, kelapa sawit, tebu), dan ada tanaman penyegar (contoh: kopi, coklat), serta tanaman obat (contoh: kunyit, jahe, temu-temuan), dan sebagainya.
· Berdasarkan kemampuan adaptasi/habitatnya:
Ada tumbuhan hidrofit (tumbuhan menyukai lingkungan air, seperti: kangkung, genjer, eceng), ada tumbuhan serofit (tumbuhan tahan daerah kering, seperti: kaktus), dan ada tumbuhan mesofit (tumbuhan yang menyukai tanahnya mengandung air secara cukup saja, atau menyukai daerah yang mengalami pergiliran musim kemarau dan hujan seimbang, seperti: mahoni, jati).
· Berdasarkan kebiasaan hidupnya (habitus):
Ada tumbuhan herba (basah, rerumputan, seperti: kol, wortel), ada tumbuhan perdu (pohon kecil berkayu, seperti kembang sepatu, kapas), ada tumbuhan pohon (contoh: mangga, jati), dan ada tumbuhan liana (memanjat, seperti: gadung), ada tumbuhan epipit (tumbuhan hidup menempel pada tumbuhan lainnya, seperti: anggrek), dan tumbuhan parasit (tumbuhan hidupnya menumpang dan bersifat merugikan inang contohnya: benalu, tali putri.
· Berdasarkan kandungan gizinya atau zat utamanya:
Ada tanaman sumber karbohidrat (contohnya: padi, singkong, jagung, sagu), ada tanaman sumber protein (contohnya: kedelai, kacang hijau, tanaman sumber lemak (contohnya: kemiri, kelapa, kelapa sawit), dan tanaman sumber vitamin dan mineral (contohnya: berbagai macam sayuran dan buah).
2. Sistem Klasifikasi Alami (Natural)
Sistem Klasifikasi Alami adalah didasarkan kepada ciri-ciri alaminya yang mudah dikenalinya seperti ciri-ciri morfologi akar, batang, daun, dan bunganya atau alat reproduksinya. Dalam sistem klasifikasi alami/tradisional antara lain dipelopori oleh Carolus Linnaeus (1707-1778) yang meletakkan dasar-dasar klasifikasi secara teratur dalam pemberian nama ilmiahnya. Dalam sistem klasifikasinya, ia sangat memperhatikan urutan takson sebagaimana telah dikemukakan di atas. Ia membagi dunia makhluk hidup menjadi dua Kingdom, yaitu: Plantae dan Animalia.
3. Sistem Klasifikasi Filogeni
Sistem klasifikasi filogeni adalah mendasarkan penggolongan organisme menurut garis evolusinya atau sifat perkembangan genetik organisme sejak sel pertama hingga menjadi bentuk masa kininya. Sistem klasifikasi ini dipengaruhi oleh perkembangan teori evolusi. Organisme secara morfologisnya berbeda, ternyata tidak mesti memiliki genetik yang berbeda sebagai akibat interaksi gena-gena dengan lingkungannya seperti yang dijelaskan di awal uraian modul ini, yaitu sebagai akibat keanekaragaman tingkat gen pada individu. Kelebihan sistem klasifikasi filogeni adalah mudah melihat tingkat kekerabatan antar individunya. Kelompok individu pada tingkat takson jenis adalah menunjukkan individu ini bisa disilangkan dan menghasilkan keturunan yang fertil. Sebab, individu pada tingkat genus yang sama bisa saja disilangkan, hanya menghasilkan keturunan yang steril seperti persilangan antara singa (Felis leo) dengan macam tutul (Felis tigris) menghasilkan jenis Leopons (berkepala singa, tetapi berbadan harimau) yang mandul, apalagi pada tingkat takson yang lebih tinggi. Aliran klasifikasi filogeni seperti Whitaker (1969) menilai bahwa pembagian Dunia (Kingdom) Makhluk Hidup menjadi dua golongan adalah tidak tepat, karena ada beberapa golongan makhluk hidup masih dikategorikan kepada keduanya. Misalnya, Euglena, Volvoc, Chlamydomonas, dll. adalah memiliki klorofil dan bergerak bebas dengan flagelnya sehingga merupakan bentuk antara tumbuhan dan hewan, maka ia memasukkannya menjadi Kingdom tersendiri, yaitu Protista. Demikian pula, golongan jamur memiliki sifat heterotrof (saprofit), tidak memiliki klorofil, dan kandungan cadangan makanannya adalah glikogen, serta jaringan tubuhnya tidak pernah membentuk jaringan kompleks yang menunjukkan hal yang jauh berbeda sifat dengan tumbuhan, sehingga ia dimasukkan Kingdom sendiri, yaitu Mycota. Satu hal lagi adalah golongan bakteri, sekalipun selnya memiliki dinding yang terbuat dari selulosa, tetapi organisme ini tidak mampu membentuk jaringan (hanya mampu membentuk koloni), bahkan tidak mampu mengorganisasikan DNA/ADN menjadi kromosom maupun ketidakmampuannya mengemas materi inti sel menjadi satu organel nucleus, sehingga ia merupakan kelompok organisme prokariotik. Golongan organisme prokariotik ini seumur hidupnya hanya mampu membentuk tubuh satu sel atau koloni saja, sehingga ia menamakannya sebagai Kingdom Monera.
